太陽能熱水器用了一段時間后，會產生大量水垢，使熱效率大打折扣，原來水熱的很快，現在水溫總上不來，就是因為水垢在加熱管內壁和水之間形成隔熱層，阻擋了熱傳遞。這是因為自來水中少量的泥沙、雜質，沉積在真空管、內膽內部；加熱時水中的鈣、鎂鹽類，溶解度下降，形成結晶沉淀物析出；太陽能熱水器內水慢慢曬熱，細菌大量繁殖，死亡后沉積，和水垢一起形成污物。
具體來說，太陽能熱水器清洗不及時，會有以下危害：
1、堅硬的水垢能使太陽能的熱能轉換率降低甚至失效。這就是太陽能熱水器水溫降低和供水量減少的原因。
2、水垢中含有多種化學成分，長期的沉淀和積累是水中的有害物質不斷增加,可能導至皮膚過敏。
3、粘泥、微生物、細菌在長時間不斷更新、交替反應中也生成了很多有害物質。能引發多種皮膚病的發生，有些婦女、兒童洗完澡后有時感到皮膚瘙癢和起紅點。
